Styrelsen administrerer de tilskud til inklusion og specialundervisning og anden specialpædagogisk bistand, som efterskoler og frie fagskoler kan modtage, hvis de opfylder betingelserne for de pågældende tilskud.
Styrelsen fører også tilsyn med, at de modtagne tilskud anvendes til formålene, at skolerne opfylder de betingelser, der knytter sig til modtagelsen, og at skolerne administreret tilskuddene efter de gældende regler på området, eksempelvis at elever, der er søgt tilskud om specialundervisning til, også modtager denne undervisning.