Den daglige ledelse af selvejende uddannelsesinstitutioner forestås af en rektor/forstander/direktør, der har ansvaret for, at institutionen ledes og udvikles i overensstemmelse med institutionens formål. Ligeledes er det ledelsen, der i samarbejde med bestyrelsen, har ansvaret for, at politiske reformer og initiativer implementeres og får effekt på de enkelte institutioner. Det er således rektor/forstander/direktør, der er ansvarlig over for bestyrelsen i forhold til institutionens pædagogiske, administrative og økonomiske drift og udvikling.
Ledelsen kan udover øverste leder bestå af en række uddannelseschefer, vicedirektører eller lignede alt efter institutionens struktur og behov.
Ansvar for drift
Ledelsen har ansvaret for den daglige drift, herunder den daglige pædagogiske, administrative og økonomiske ledelse af institutionen. Det er ledelsen, der har ansvaret for alt personale samt det daglige arbejde med at sikre, at kvaliteten i undervisningen står mål med bestyrelsens strategi herom.
Rammerne for institutionens virksomhed og forvaltning er nærmere fastsat i institutionslovene og i den enkeltes institutions vedtægter.