Danmark ligger med et gennemsnit på 499 point meget tæt på OECD-gennemsnittet på 501 point. Danmark har dermed fastholdt de gode resultater med 496 point i naturfag i PISA 2006.
Som det ses af figuren nedenunder, er de danske resultater i naturfag på niveau med resultaterne i Sverige, Norge og Island. De finske elevers resultater er markant bedre end det internationale gennemsnit og de øvrige nordiske lande. Danmark opnår en placering som nummer 26 blandt samtlige lande i undersøgelsen og nummer 19 blandt OECD-landene.
Andelen af elever med manglende naturfagskompetencer er faldet en smule fra lidt over 18 procent i PISA 2006 til lidt under 17 procent i PISA 2009. Udviklingen er dog ikke signifikant.
Forskellen i drenges og pigers resultater i naturfag er en smule større i PISA 2009 i sammenligning med PISA 2006.